La Comisión cuenta con una Secretaría Administrativa, la que tiene como misión proporcionar todas las condiciones necesarias para su operación. Esta entidad está a cargo de un Secretario, quien actúa como ministro de fe respecto de las actuaciones, deliberaciones y acuerdos, representando judicial y extrajudicialmente a la Comisión.
La CCR posee un reglamento que norma todo lo concerniente al funcionamiento y personal de la Secretaría Administrativa (Reglamento).